在种子市场中，国有种子公司以及农业科研院所、农业院校和农技推广部门，依靠在农民心中良好的形象，发挥优势，曾经在种子市场上。然而，随着大量集体、个体公司的介入以及外资公司的大举“入侵”，种子市场竞争日趋激烈，种子市场经营秩序出现混乱状况。假冒伪劣的种子严重损害了广大农民的利益，恶化了干群关系，影响了农业生产和社会稳定。

一是许可证的法人没有随着法人变化而变更；

二是种子许可证未年审或者不能年审，已失效却继续使用；

三是一些种子企业初次申请领证是合股、集资、借资等形式取得银行资质证明，领得的许可证因市场的变化，股金、集资、借资资本已撤走，公司已成为“空壳”；

四是借用、租用许可证给他人使用，对他人的种子生产质量不闻不问。

一是超出种子生产许可证许可范围，擅自到异地生产种子又不到当地农业行政主管部门备案；

二是无种子生产许可证，违法生产种子；

三是小面积制种，而大多数种子违法到他人基地收购而来。

一是无种苗生产许可证生产水果苗木种苗；

二是无种苗生产许可证或者产后办证生产组培苗和扦插苗

三是无证生产蔬菜种子和食用菌菌种。

一是擅自更改种子生产日期，将上年陈种改为当年新种；

二是将市场不的品种改成品种；

三是种子标签无种子使用说明和法定信息；四是种子包装袋透明面太少，不便于种子购买者和种子管理人员观看种子外观质量。

一是种子经营人员农业科学基础知识、种子使用技术贫乏，不能正常开展咨询服务。二是法制观念淡薄，进种随意性大，不过问种子来源和质量，网点与网点之间随意串换种子，用A公司的种子销售发票销售B公司种子。三是对抗检查销售未审定品种种子或者其他违规种子，采取隐蔽销售或者开一本发票，甚至不开发票，逃避检查。四是随意代理多家种子企业的种子，不按规定变更营业执照和到农业部门备案。